მეორე ზემოქმედების სახელით ცნობილი კატაკლიზმური მოვლენიდან თხუთმეტი წლის შემდეგ, სამყარო ახალი საფრთხის წინაშე დგას: ამაზრზენი ციური არსებები სახელად „ანგელოზები“ სათითაოდ შემოიჭრებიან ტოკიო-3-ში. კაცობრიობას არ შეუძლია დაიცვას თავი ანგელოზებისგან, მიუხედავად მათი ყველაზე მოწინავე საბრძოლო მასალისა და სამხედრო ტაქტიკის გამოყენებისა. ადამიანთა გადარჩენის ერთადერთი იმედი NERV-ის ხელშია, იდუმალი ორგანიზაცია, რომელსაც ხელმძღვანელობს ცივი გენდუ იკარი. NERV ამუშავებს გიგანტურ ჰუმანოიდ რობოტებს სახელწოდებით "Evangelions" ანგელოზებთან საბრძოლველად უახლესი მოწინავე იარაღით და დამცავი ბარიერებით, რომლებიც ცნობილია როგორც აბსოლუტური ტერორის ველები.
მამის მიერ მიტოვებული წლების შემდეგ, შინჯი იკარი, გენდუს 14 წლის ვაჟი, ბრუნდება ტოკიო-3-ში. შინჯი განიცდის მუდმივ შინაგან ბრძოლას ღრმად დამარხული ტრავმის წინააღმდეგ, რომელიც გამოწვეულია დედის დაკარგვით და ემოციური უგულებელყოფით, რომელიც მან განიცადა მამის ხელში. შეშინებული საკუთარი თავის სხვისთვის გახსნის, შინჯის ცხოვრება სამუდამოდ იცვლება 29 წლის მისატო კაცურაგის, NERV-ის მაღალი რანგის ოფიცერთან შეხვედრის შემდეგ, რომელიც ავლენს მას თავისუფალ დედობრივ სიკეთეს, რომელიც არასოდეს გამოუცდია.
ანგელოზის დამანგრეველი თავდასხმა აიძულებს შინჯის მოქმედებაში, როდესაც გენდუ ავლენს თავის ნამდვილ მოტივს შვილის ტოკიო-3-ში დაპატიჟების შესახებ: შინჯი ერთადერთი ბავშვია, რომელსაც შეუძლია ეფექტური პილოტირება Evangelion Unit-01, ახალი რობოტი, რომელიც სინქრონიზებულია მის ბიომეტრიასთან. მიუხედავად სასტიკი ფსიქოლოგიური ტრავმისა, რომელსაც მოჰყვა ევანგელიონის პილოტირება, შინჯი იცავს ტოკიო-3-ს ანგელოზური საფრთხისგან, არ აცნობიერებს მამის ბნელ მაქინაციებს.
