NERV-ის წარუმატებელი მცდელობის შემდეგ, დაებრუნებინა ლონგინუსის შუბები და განეხორციელებინა ადამიანის ინსტრუმენტულობის პროექტი, მეოთხე ზემოქმედებით გამოწვეული განადგურება დიდწილად თავიდან აიცილა. არეულ მდგომარეობაში მყოფი შინჯი იკარი, ასუკა ლენგლი შიკინამი და რეი აიანამი მიემგზავრებიან სოფელ 3-ში — გადარჩენილთა დასახლებაში, რომელიც თავისუფალია დედამიწის განადგურებისგან. იქ შინჯი ნელ-ნელა შეეგუება თავის წარსულს და ავითარებს სრულიად განსხვავებულ ცხოვრებას ევანჯელიონის პილოტის დროიდან.
იმავდროულად, NERV ემზადება ინსტრუმენტულობის პროექტის გასაგრძელებლად ახალი Impact-ის საშუალებით. როდესაც უილის მთავარი საჰაერო ხომალდი სოფელში ჩადის, შინჯი გადაწყვეტს ბორტზე ასვლას, თვლის, რომ მას შეუძლია დაეხმაროს ევანჯელიონის პილოტით. როდესაც ახალი საიდუმლოებები იხსნება და ბრძოლა WILLE-სა და NERV-ს შორის ახლოვდება, დედამიწის მომავალი ბალანსზე დევს. შეუძლია თუ არა შინჯიმ ბოლოჯერ გადაარჩინოს კაცობრიობა და დანარჩენი სამყარო?