ოცნებობს სამყაროს შეცვლაზე, აკუტო საი გადადის Constant Magic Academy-ში, სადაც მეგობრობს სათნო ნინძას კლანის წევრთან, ჯუნკო ჰატორთან. აკადემიისკენ მიმავალ გზაზე ისინი პირობას დებენ, რომ ერთად სამყარო უკეთეს ადგილად აქციონ; თუმცა, სიტუაცია მოულოდნელად უარესდება მისი ჩამოსვლისთანავე - ნაწინასწარმეტყველებია, რომ ის გახდება დემონ მეფე! მისი ბედის შესახებ ცნობების გავრცელებასთან ერთად, სკოლას მისი შიში ეწყება და ჯუნკოს ნდობა მის მიმართ იკლებს. მიუხედავად იმისა, რომ აკუტო გადაწყვეტილია, არ მისცეს მის მომავალს აკონტროლოს მისი ბედი, როგორც ჩანს, ყველაფერი, რასაც ის ამბობს და აკეთებს, მხოლოდ იმ ფაქტის განმტკიცებას ემსახურება, რომ ის განზრახული იყოს დემონ მეფედ. უფრო მეტიც, ის გარშემორტყმულია ულამაზესი გოგონების ჰარემით, რომელთაც თითოეულს აქვს მისთვის საკუთარი გეგმები, დაწყებული მისი მართლმსაჯულების წინაშე მიყვანიდან დაწყებული, უბრალოდ სიყვარულით გაჟღენთვით. თავისი ახლად გაღვიძებული ძალებით, აკუტო უნდა გაუმკლავდეს მის მუდმივად მზარდ უბედურებათა სიას და იბრძოლოს იმისთვის, რომ დაამტკიცოს, რომ მისი ბედი არ არის გადაწყვეტილი.

მსოფლიოს ღმერთები - ბერძნულიდან სკანდინავიურიდან ინდუისტურ მითოლოგიამდე - ყოველ ათას წელიწადში ერთხელ იკრიბებიან ერთი მნიშვნელოვანი გადაწყვეტილების მისაღებად: გაანადგურონ თუ არა კაცობრიობა. კაცობრიობის ეგოისტურობით განდევნილი, საბჭო ერთხმად ამტკიცებს ყველა ადამიანის განადგურებას. მაგრამ სანამ ბრძანებულება ამოქმედდება, ბრუნჰილდე, ვალჰალას 13 ვალკირიიდან ერთ-ერთი, წყვეტს შეხვედრას, რათა კაცობრიობას გადარჩენის შანსი მისცეს. ბრუნჰილდე გვთავაზობს Ragnarök-ის ამოქმედების იდეას, მოვლენა, რომელშიც 13 უძლიერესი მოკვდავი მეომარი იბრძვის 13 ღმერთის წინააღმდეგ ერთ-ერთ მატჩებში. მიუხედავად იმისა, რომ სასამართლო დასცინიან ღმერთებს, ნახევარღმერთი სარგებლობს მათი სიამაყით და აიძულებს მათ შეთანხმებას. თუმცა, თავად ბრუნჰილდემ უნდა შეაგროვოს უძლიერესი გმირები კაცობრიობის ათასწლეულის ისტორიის მანძილზე და წარმართოს ისინი გამარჯვებისკენ, სანამ ისინი ნაადრევ დაღუპვას შეხვდებიან.

საშუალო სკოლის მოსწავლე იოშიჰარუ საგარა იღვიძებს და სენგოკუს პერიოდის მძვინვარე ბრძოლაში აღმოჩნდება. მას გადაარჩენს ლეგენდარული ჰიდეიოში ტოიოტომი, ოღონდ გმირის სიცოცხლის ფასად. მისი მომაკვდავი სუნთქვით, მეომარი ევედრება იოშიჰარუს, რომ მის ადგილას ფეოდალი გახდეს. ახლა, როდესაც ისტორიის მიმდინარეობა შეიცვალა, იოშიჰარუ პირობას დებს, რომ დროთა საზღვრები აღარ განსხვავდებიან. თუმცა, ნობუნა ოდას გადარჩენის შემდეგ, რომელსაც აღმოაჩენს, რომ სინამდვილეში ზღაპრული ნობუნაგა ოდას ქალი კოლეგაა, იოშიჰარუ ხვდება, რომ ის გადაიყვანეს ალტერნატიულ რეალობაში, სადაც იაპონიის ისტორიული მეთაურების უმეტესობა ახლა საყვარელი გოგოებია! იმისათვის, რომ ყველაფერი გამოსწორდეს და სახლში დაბრუნდეს, იოშიჰარუ თანახმაა გახდეს ნობუნას ერთ-ერთი დამჭერი და დაეხმაროს მას იაპონიის დაპყრობაში. როდესაც ნობუნა იწყებს თავის კამპანიას, იოშიჰარუ აღმოაჩენს, რომ ისტორია, რომელიც მან ისწავლა ვიდეო თამაშის "ნობუნაგას ამბიცია" თამაშისგან, საშუალებას აძლევს მას იწინასწარმეტყველოს მომავალი მოვლენები და შეცვალოს ომის ტალღა. იყენებს ამ ფასდაუდებელ საჩუქარს ოდას კლანის მშვენიერი გენერლების დასახმარებლად, იოშიჰარუ იმედოვნებს, რომ დაეხმარება თავის ახალ ბატონს მისი ოცნების ასრულებაში და ყველგან ქალების გულების მოგებას.

ჩვენ ვდებთ ჩვენს სცენას Dahlia Academy-ში, სადაც ორი ქვეყანა, ორივე ღირსეულად ერთნაირია, გაერთიანებულია; ტოუვას აღმოსავლური ერის "შავ ძაღლებს" და დასავლეთის სამთავროს "თეთრ კატებს" დიდი ხნის მტრობა აქვთ. რომიო ინუზუკა და ჯულიეტა პერსია, მათი შესაბამისი საერთო საცხოვრებლის ლიდერები, როგორც ჩანს, სასტიკი მტრები არიან. თუმცა, სინამდვილეში რომიო და ჯულიეტა უიმედოდ არიან შეყვარებულები, მაგრამ მათი ურთიერთობის გამჟღავნება ყველა ამხანაგის გაბრაზებას გამოიწვევს. ისინი მალავენ თავიანთ სიყვარულს სიმშვიდის შესანარჩუნებლად, მაგრამ ფარული ურთიერთობა ნიშნავს, რომ გამოტოვებენ ბევრ აქტივობას, რომელსაც წყვილები ასრულებენ. როდესაც ისინი უფრო დაუახლოვდებიან ერთმანეთს, რომიო და ჯულიეტა უნდა შეეგუონ იმ ფაქტს, რომ მათი ურთიერთობის გასაიდუმლოება შეიძლება შეუძლებელი აღმოჩნდეს.

NERV-ის წარუმატებელი მცდელობის შემდეგ, დაებრუნებინა ლონგინუსის შუბები და განეხორციელებინა ადამიანის ინსტრუმენტულობის პროექტი, მეოთხე ზემოქმედებით გამოწვეული განადგურება დიდწილად თავიდან აიცილა. არეულ მდგომარეობაში მყოფი შინჯი იკარი, ასუკა ლენგლი შიკინამი და რეი აიანამი მიემგზავრებიან სოფელ 3-ში — გადარჩენილთა დასახლებაში, რომელიც თავისუფალია დედამიწის განადგურებისგან. იქ შინჯი ნელ-ნელა შეეგუება თავის წარსულს და ავითარებს სრულიად განსხვავებულ ცხოვრებას ევანჯელიონის პილოტის დროიდან. იმავდროულად, NERV ემზადება ინსტრუმენტულობის პროექტის გასაგრძელებლად ახალი Impact-ის საშუალებით. როდესაც უილის მთავარი საჰაერო ხომალდი სოფელში ჩადის, შინჯი გადაწყვეტს ბორტზე ასვლას, თვლის, რომ მას შეუძლია დაეხმაროს ევანჯელიონის პილოტით. როდესაც ახალი საიდუმლოებები იხსნება და ბრძოლა WILLE-სა და NERV-ს შორის ახლოვდება, დედამიწის მომავალი ბალანსზე დევს. შეუძლია თუ არა შინჯიმ ბოლოჯერ გადაარჩინოს კაცობრიობა და დანარჩენი სამყარო?

როდესაც ანგელოზის საშიშროება იზრდება, კაცობრიობის თავდაცვითი ძალა საზღვრებს მიაღწევს, NERV არის ბრძოლის წინა ხაზზე. შინჯი იკარის და მის პარტნიორს რეი აიანამის ორი ახალი მფრინავი ეხმარება: ცეცხლოვანი ასუკა ლენგლი შიკინამი და იდუმალი მარი ილუსტრიუს მაკინამი. მათი მექანიზებული ევანგელიონის ქვედანაყოფების დახმარებით, რომლებიც აღჭურვილია შესანიშნავი იარაღით მათი ამაზრზენი მოწინააღმდეგეების დასაკავებლად, ოთხი ახალგაზრდა სული სასოწარკვეთილად იბრძვის საყვარელი ადამიანების დასაცავად და მოსალოდნელი აპოკალიფსის თავიდან ასაცილებლად. მაგრამ როდესაც გასაოცარი საიდუმლოებები გამოაშკარავდება, იქნება თუ არა გმირების ყველაზე დიდი გამოწვევა მონსტრები... თუ თავად კაცობრიობა?

პოსტ-აპოკალიფსურ სამყაროში იაპონიაში ადამიანთა ბოლო დასახლება არის ძლიერ გამაგრებული ქალაქი ტოკიო-3. თოთხმეტი წლის შინჯი იკარი მიჰყავთ NERV-ის შტაბ-ბინაში, მიწისქვეშა ორგანიზაციაში, რომელსაც ხელმძღვანელობს მისი გაუცხოებული მამა, გენდუ. ის ითხოვს, რომ შინჯი გახდეს "Evangelion"-ის პილოტი, კოლოსალური ანდროიდი, რომელიც შექმნილია ურჩხული და დამანგრეველი უცხო არსებების წინააღმდეგ საბრძოლველად, რომლებიც ცნობილია როგორც "ანგელოზები", რომლებიც ანადგურებენ პლანეტას და ემუქრებიან დარჩენილი კაცობრიობის გადარჩენას. მიუხედავად იმისა, რომ თავდაპირველად უხალისო, შინჯი იძაბება მამასთან შერიგების იდეით და თანახმაა დაეხმაროს კაცობრიობის სახიფათო მცდელობას მისი უცხო საფრთხის წინააღმდეგ, როგორც Evangelion Unit-01-ის პილოტი. სახიფათო ბრძოლის ველის შუაგულში ჩავარდნილმა შინჯიმ უნდა მოიპოვოს საჭირო გამბედაობა და გადაწყვიტოს, რომ დაუპირისპირდეს ანგელოზთა შემოსევებს, სანამ ძალიან გვიან არ არის.

სამასი წლის წინ არასწორად წარსულმა გენეტიკურმა ექსპერიმენტმა გამოიწვია დედამიწის ყველა ტყის მუტაცია. ცნობიერებით შეიარაღებული მცენარეულობა მთელი კაცობრიობის განადგურებას ცდილობდა და მომხდარმა ომმა პლანეტა ჯოჯოხეთურ დისტოპიად აქცია. დღესდღეობით, აგიტო, ახალგაზრდა ბიჭი, მამასთან ერთად ცხოვრობს ნეიტრალურ ქალაქში - სოფელში, სადაც ზვია მეზობელ ტყესთან. ერთ დღეს, აგიტო, წყლის შეგროვების გზაზე, მეგობარს შორდება და წააწყდება წარსულის რელიქვიას: გოგონას სძინავს იდუმალ მანქანაში. აგიტო აღვიძებს გოგონას, Toola Cm Sacl, და აცნობს მას სოფელში. მაგრამ გარე ძალებს აქვთ ფარული მოტივები გოგონასთვის, რომელსაც ხელში აქვს დედამიწის აღდგენის გასაღები. შეცდომაში შეჰყავს შუნაკი, ძველი სამყაროს ჯარისკაცი, რომელიც ტყის განადგურებას აპირებს, ტულა მას მიჰყვება, მიუხედავად აგიტოს გაფრთხილებისა. გადაწყვეტილი აქვს ტულას გადარჩენა და კაცობრიობის ტყესთან გაერთიანება, აგიტო სესხულობს ტყის ძალას და მისდევს მას.

ერთ დღეს ტოკი მიშიბა ფოსტით იღებს წერილს, რომელშიც თამაშში მონაწილეობის შემთხვევაში დიდ თანხას ჰპირდება. თავდაპირველად, როდესაც ტოვებს შეტყობინებას, ტოკი დაინტერესებულია და გადაწყვეტს დარეგისტრირებას მას შემდეგ, რაც შეამჩნია, რომ მოთამაშეთა უსაფრთხოება არ იქნება გარანტირებული. დიდი ხნის შემდეგ ის ხვდება ნობუტო ნაკაჯოუს და კაზუო საიტუს - თანაგუნდელებს, რომლებიც მას "ბიზნეს თამაშში" დანიშნეს, ასევე ცნობილი როგორც "ბიზ თამაში". ტრიოს წევრები სწრაფად ქმნიან რყევ ალიანსს და საკუთარ თავს "No Name"-ს უწოდებენ. არაფრით შეკრული, გარდა უხამსი თანხის საერთო სურვილისა, სამი ნაბიჯია Biz Game-ის სახიფათო სამყაროში, სადაც მათ უნდა შეებრძოლონ სხვა გუნდებს მონაცემთა დისკის გამო, რომელიც შეიცავს სასიცოცხლო კორპორატიულ საიდუმლოებებს, რათა წინ წაიწიონ და გადარჩნენ.