შუნ ჰაშიმოტო არის ღიად გეი მსურველი რომანისტი, რომელიც ცხოვრობს ოკინავაში, რომელიც მშობლებმა მიატოვეს მათთან გამოსვლის შემდეგ. მიო ჩიბანა თავშეკავებული, ობოლი საშუალო სკოლის მოსწავლეა, რომელსაც ხშირად ზღვის პირას ატარებს. ერთ დღეს ისინი ერთმანეთს ხვდებიან სანაპიროზე და შუნი მაშინვე გაიტაცებს მიოს. დღეები მიფრინავს და ნელ-ნელა იწყებენ მიახლოებას, სანამ მიო მოულოდნელად არ გამოაცხადებს, რომ მატერიკზე უნდა წავიდეს. სამი წელი გადის, სანამ 20 წლის მიო ბრუნდება ოკინავაში, რათა ეღიარებინა სიყვარული შუნისთვის. თუმცა ამ სამ წელიწადში შუნის ცხოვრება შეიცვალა. შეძლებს მიოს გრძნობების მიღებას და ასეთ ვალდებულებას?

Hikaru Kusakabe არის ნორმალური, უდარდელი ბიჭი როკ ჯგუფში, რომელიც ყოველთვის ორიენტირებულია აწმყოზე. ზაფხულის განმავლობაში მისი მთელი კლასი იძულებულია მონაწილეობა მიიღოს მომავალ საგუნდო ფესტივალში. შემთხვევით, ის აღმოაჩენს, რომ მისი კლასელი რიჰიტო საჯოუ, რომელიც ცნობილია იმით, რომ წარჩინებული სტუდენტი იყო, რომელიც მარტო ვარჯიშობს სიმღერაში. როგორც ჩანს, საჯოუ ვერ ახერხებს მათი კლასის სიმღერას სწორად და კუსაკაბე, რომელიც აღფრთოვანებულია თავისი სწორი კლასელის ახალი მხარის დანახვით, სთავაზობს დახმარებას ღონისძიებისთვის მომზადებაში. მიუხედავად იმისა, რომ მათი ცხოვრება და პიროვნება სრულიად საპირისპიროა, ისინი იწყებენ დაახლოებას დროთა განმავლობაში. მაგრამ გაურკვეველი მომავლის ზეწოლით, რა მოუვა მათ და მათ მზარდ ურთიერთობას?

მასაჰირო სეტაგავა არის უიმედო მოზარდი, რომელსაც ხშირად იყენებენ მეზობელი მოძალადეები, როგორც დავალებული ბიჭი. დაუცველმა მაზაჰირომ იცის, რომ ვერავინ გადაარჩენს მას. თუმცა, მისი ცხოვრება მკვეთრად იცვლება, როდესაც ის ხვდება კუსუკე ოშიბას, კაცს, რომელიც ცნობილია როგორც "დათვების მკვლელი", რომელიც ანადგურებს სამეზობლო ბანდების. ერთი წლის შემდეგ, მასაჰირო და მისი ყოფილი მეგობარი, კენსუკე ოშიბა, საშუალო სკოლაში სწავლობენ, მაგრამ აღმოაჩინეს, რომ კუსუკე მათი მათემატიკის მასწავლებელია. სანამ სამივე უახლოვდება, მასაჰირო იწყებს კუსუკეს თავის "გმირად" განხილვას და კუსუკეს უჩნდება მაზაჰიროს დაცვის მძლავრი სურვილი. თუმცა, მათი ნორმალური ცხოვრება იცვლება, როდესაც კენსუკეს ბავშვობის მეგობარი, ასია ჰასეკურა ბრუნდება და კენსუკეს უბრალო მეგობარზე მეტს ხედავს, რაც მის გასაკვირია. შეძლებს თუ არა სამი ბიჭი ჩვეულებრივ საშუალო სკოლის ცხოვრებას? თუ აკრძალული სიყვარული მათ სამუდამოდ დაშორდება?

იოშიკაზუ მიანოს პრობლემები პირველად იწყება ზაფხულის ერთ ცხელ დღეს, როდესაც შუმეი სასაკი შემოდის მის ცხოვრებაში. სასაკი იხსნის მიანოს კლასელს მოძალადეების ჯგუფისგან და ამის შემდეგ მიანო ვერ ახერხებს თავის ექსცენტრიულ ზემოკლასელს. მისი ჩუმი აღფრთოვანება სასაკის მიმართ თანდათან აღიზიანებს ყოველ ჯერზე, როცა ეგრეთ წოდებული დამნაშავე უარს ამბობს მის მარტო დატოვებაზე. მიანოს, რომელსაც გამუდმებით ეძახიან საყვარელი მეტსახელებით და უგულებელყოფენ მის საზღვრებს, მიანოს აინტერესებს, რატომ სურს სასაკის მასთან დაახლოება. მორცხვი და ადვილად აფორიაქებული მიანო უხერხულ საიდუმლოს ინახავს - ის არის "ფუდანში", ბიჭი, რომელსაც უყვარს ბიჭების სიყვარული (BL) მანგა. ბოლო, რაც მას სურს, სხვა სტუდენტებმა გაარკვიონ, მაგრამ ენით გამოსვლის გზით, ის სიმართლეს ამხელს სასაკის. დაინტერესებული, უგუნური სასაკი ითხოვს წიგნის სესხებას წასაკითხად, რომელსაც მას ძალიან უხალისოდ აძლევენ. მიანოს გასაკვირად, სასაკი სარგებლობს BL-ით, რომელსაც ის იღებს და მეტს ითხოვს, რაც ცვლის მათ უცნაურ დინამიკას. მიუხედავად იმისა, რომ სასაკის, როგორც ჩანს, აქვს გარკვეული პირადი დღის წესრიგი, მისი გრძნობები მიანოს მიმართ რთულდება რაც უფრო მეტ დროს ატარებენ ერთად. ვინაიდან მათ ახლა საერთო ინტერესები აქვთ, მათი ურთიერთობა მზად არის შეიცვალოს და შემდგომ განვითარდეს.

NERV-ის წარუმატებელი მცდელობის შემდეგ, დაებრუნებინა ლონგინუსის შუბები და განეხორციელებინა ადამიანის ინსტრუმენტულობის პროექტი, მეოთხე ზემოქმედებით გამოწვეული განადგურება დიდწილად თავიდან აიცილა. არეულ მდგომარეობაში მყოფი შინჯი იკარი, ასუკა ლენგლი შიკინამი და რეი აიანამი მიემგზავრებიან სოფელ 3-ში — გადარჩენილთა დასახლებაში, რომელიც თავისუფალია დედამიწის განადგურებისგან. იქ შინჯი ნელ-ნელა შეეგუება თავის წარსულს და ავითარებს სრულიად განსხვავებულ ცხოვრებას ევანჯელიონის პილოტის დროიდან. იმავდროულად, NERV ემზადება ინსტრუმენტულობის პროექტის გასაგრძელებლად ახალი Impact-ის საშუალებით. როდესაც უილის მთავარი საჰაერო ხომალდი სოფელში ჩადის, შინჯი გადაწყვეტს ბორტზე ასვლას, თვლის, რომ მას შეუძლია დაეხმაროს ევანჯელიონის პილოტით. როდესაც ახალი საიდუმლოებები იხსნება და ბრძოლა WILLE-სა და NERV-ს შორის ახლოვდება, დედამიწის მომავალი ბალანსზე დევს. შეუძლია თუ არა შინჯიმ ბოლოჯერ გადაარჩინოს კაცობრიობა და დანარჩენი სამყარო?

როდესაც ანგელოზის საშიშროება იზრდება, კაცობრიობის თავდაცვითი ძალა საზღვრებს მიაღწევს, NERV არის ბრძოლის წინა ხაზზე. შინჯი იკარის და მის პარტნიორს რეი აიანამის ორი ახალი მფრინავი ეხმარება: ცეცხლოვანი ასუკა ლენგლი შიკინამი და იდუმალი მარი ილუსტრიუს მაკინამი. მათი მექანიზებული ევანგელიონის ქვედანაყოფების დახმარებით, რომლებიც აღჭურვილია შესანიშნავი იარაღით მათი ამაზრზენი მოწინააღმდეგეების დასაკავებლად, ოთხი ახალგაზრდა სული სასოწარკვეთილად იბრძვის საყვარელი ადამიანების დასაცავად და მოსალოდნელი აპოკალიფსის თავიდან ასაცილებლად. მაგრამ როდესაც გასაოცარი საიდუმლოებები გამოაშკარავდება, იქნება თუ არა გმირების ყველაზე დიდი გამოწვევა მონსტრები... თუ თავად კაცობრიობა?

პოსტ-აპოკალიფსურ სამყაროში იაპონიაში ადამიანთა ბოლო დასახლება არის ძლიერ გამაგრებული ქალაქი ტოკიო-3. თოთხმეტი წლის შინჯი იკარი მიჰყავთ NERV-ის შტაბ-ბინაში, მიწისქვეშა ორგანიზაციაში, რომელსაც ხელმძღვანელობს მისი გაუცხოებული მამა, გენდუ. ის ითხოვს, რომ შინჯი გახდეს "Evangelion"-ის პილოტი, კოლოსალური ანდროიდი, რომელიც შექმნილია ურჩხული და დამანგრეველი უცხო არსებების წინააღმდეგ საბრძოლველად, რომლებიც ცნობილია როგორც "ანგელოზები", რომლებიც ანადგურებენ პლანეტას და ემუქრებიან დარჩენილი კაცობრიობის გადარჩენას. მიუხედავად იმისა, რომ თავდაპირველად უხალისო, შინჯი იძაბება მამასთან შერიგების იდეით და თანახმაა დაეხმაროს კაცობრიობის სახიფათო მცდელობას მისი უცხო საფრთხის წინააღმდეგ, როგორც Evangelion Unit-01-ის პილოტი. სახიფათო ბრძოლის ველის შუაგულში ჩავარდნილმა შინჯიმ უნდა მოიპოვოს საჭირო გამბედაობა და გადაწყვიტოს, რომ დაუპირისპირდეს ანგელოზთა შემოსევებს, სანამ ძალიან გვიან არ არის.

შინჯი იკარი ძვირფასი მეგობრის გარდაცვალების შემდეგ ემოციურად კომატოზირებულია. იმის გამო, რომ მის შვილს ფსიქიკურად არ შეუძლია პილოტირება ჰუმანოიდური რობოტი Evangelion Unit-01, გენდუ იკარის NERV ებრძვის ჩრდილოვან ორგანიზაციას SEELE-ს, რათა ნახოს, ვინ შეძლებს პირველი გეგმის განხორციელებას. SEELE-ს სურს შექმნას ღმერთის მსგავსი არსება საკუთარი სულების ევანგელიონის ერთეულში შერწყმით, ხოლო გენდუს სურს, მთელი კაცობრიობა დაუბრუნოს ერთ პირველყოფილ არსებას, რათა ის კვლავ გაერთიანდეს იუისთან, მის გარდაცვლილ მეუღლესთან. SEELE ათავისუფლებს თავის სამხედრო ძალებს NERV-ის შტაბ-ბინაში სასიკვდილო შეჭრაში. როდესაც SEELE-ს ძალებმა მოკვეთეს NERV-ის მეცნიერები და უსაფრთხოების პერსონალი, ასუკა ლენგლი სურიუუ პილოტებს Evangelion Unit-02-ს სასოწარკვეთილი ბოლო პოზიციით SEELE-ის უმძიმესი იარაღის წინააღმდეგ. ბრძოლა მძვინვარებს და დეპრესიული შინჯი ღრმად იმალება NERV-ის შტაბ-ბინაში. სამყაროს ბედი შინჯის ხელშია, კაპიტანი მისატო კაცურაგი ნადირობს თინეიჯერ ბიჭზე, როცა საზოგადოება მათ ირგვლივ იშლება.

სამასი წლის წინ არასწორად წარსულმა გენეტიკურმა ექსპერიმენტმა გამოიწვია დედამიწის ყველა ტყის მუტაცია. ცნობიერებით შეიარაღებული მცენარეულობა მთელი კაცობრიობის განადგურებას ცდილობდა და მომხდარმა ომმა პლანეტა ჯოჯოხეთურ დისტოპიად აქცია. დღესდღეობით, აგიტო, ახალგაზრდა ბიჭი, მამასთან ერთად ცხოვრობს ნეიტრალურ ქალაქში - სოფელში, სადაც ზვია მეზობელ ტყესთან. ერთ დღეს, აგიტო, წყლის შეგროვების გზაზე, მეგობარს შორდება და წააწყდება წარსულის რელიქვიას: გოგონას სძინავს იდუმალ მანქანაში. აგიტო აღვიძებს გოგონას, Toola Cm Sacl, და აცნობს მას სოფელში. მაგრამ გარე ძალებს აქვთ ფარული მოტივები გოგონასთვის, რომელსაც ხელში აქვს დედამიწის აღდგენის გასაღები. შეცდომაში შეჰყავს შუნაკი, ძველი სამყაროს ჯარისკაცი, რომელიც ტყის განადგურებას აპირებს, ტულა მას მიჰყვება, მიუხედავად აგიტოს გაფრთხილებისა. გადაწყვეტილი აქვს ტულას გადარჩენა და კაცობრიობის ტყესთან გაერთიანება, აგიტო სესხულობს ტყის ძალას და მისდევს მას.

ერთ დღეს ტოკი მიშიბა ფოსტით იღებს წერილს, რომელშიც თამაშში მონაწილეობის შემთხვევაში დიდ თანხას ჰპირდება. თავდაპირველად, როდესაც ტოვებს შეტყობინებას, ტოკი დაინტერესებულია და გადაწყვეტს დარეგისტრირებას მას შემდეგ, რაც შეამჩნია, რომ მოთამაშეთა უსაფრთხოება არ იქნება გარანტირებული. დიდი ხნის შემდეგ ის ხვდება ნობუტო ნაკაჯოუს და კაზუო საიტუს - თანაგუნდელებს, რომლებიც მას "ბიზნეს თამაშში" დანიშნეს, ასევე ცნობილი როგორც "ბიზ თამაში". ტრიოს წევრები სწრაფად ქმნიან რყევ ალიანსს და საკუთარ თავს "No Name"-ს უწოდებენ. არაფრით შეკრული, გარდა უხამსი თანხის საერთო სურვილისა, სამი ნაბიჯია Biz Game-ის სახიფათო სამყაროში, სადაც მათ უნდა შეებრძოლონ სხვა გუნდებს მონაცემთა დისკის გამო, რომელიც შეიცავს სასიცოცხლო კორპორატიულ საიდუმლოებებს, რათა წინ წაიწიონ და გადარჩნენ.