წელი 2242 წელია. კაცობრიობა იძულებული გახდა თავშესაფარი ეძია მიწისქვეშეთში იმ უპრეცედენტო უბედურების გამო, რომელიც ცნობილია როგორც "ახალი მთვარის ცრემლები", მაგრამ მიწისქვეშა ქალაქ-სახელმწიფოს "ამასიის" დაშლის შემდეგ, მათ დაიწყეს უკან დაბრუნება. ზედაპირზე კიდევ ერთხელ იქ ცხოვრების იმედით. აყალიბებენ დასახლებებს, სახელწოდებით "ბუდეები", რომლებიც მიმოფანტულნი არიან ზედაპირზე, ავანტიურისტებმა, რომლებიც ცნობილია როგორც "დრიფტერები", აგრძელებენ ბრძოლას "ენდერების" მუდმივ საფრთხესთან და "AO კრისტალების" მოპოვებას, რომლებიც აუცილებელი ენერგიის რესურსია, რომელიც აუცილებელია ბუდეების მუშაობისთვის. ბუდე "კლდოვან ქალაქში", სადაც ასეთი დრიფტერები იკრიბებიან, ვისაც სურს ერთ დღეს ასეთი დრიფტერი გამხდარიყო, "კანატა" დახელოვნებულ დრიფტერ "ტოკიოსთან" ერთად წავიდა ძველი მუზეუმის ნანგრევების შესასწავლად, სადაც კანატამ აღმოაჩინა ძალიან ლამაზი მძინარე "მაგუსი". იდუმალი მაგუსის "ნუარის" შეხვედრით ნელ-ნელა იწყება ბედისწერის ზღაპარი.

NERV-ის წარუმატებელი მცდელობის შემდეგ, დაებრუნებინა ლონგინუსის შუბები და განეხორციელებინა ადამიანის ინსტრუმენტულობის პროექტი, მეოთხე ზემოქმედებით გამოწვეული განადგურება დიდწილად თავიდან აიცილა. არეულ მდგომარეობაში მყოფი შინჯი იკარი, ასუკა ლენგლი შიკინამი და რეი აიანამი მიემგზავრებიან სოფელ 3-ში — გადარჩენილთა დასახლებაში, რომელიც თავისუფალია დედამიწის განადგურებისგან. იქ შინჯი ნელ-ნელა შეეგუება თავის წარსულს და ავითარებს სრულიად განსხვავებულ ცხოვრებას ევანჯელიონის პილოტის დროიდან. იმავდროულად, NERV ემზადება ინსტრუმენტულობის პროექტის გასაგრძელებლად ახალი Impact-ის საშუალებით. როდესაც უილის მთავარი საჰაერო ხომალდი სოფელში ჩადის, შინჯი გადაწყვეტს ბორტზე ასვლას, თვლის, რომ მას შეუძლია დაეხმაროს ევანჯელიონის პილოტით. როდესაც ახალი საიდუმლოებები იხსნება და ბრძოლა WILLE-სა და NERV-ს შორის ახლოვდება, დედამიწის მომავალი ბალანსზე დევს. შეუძლია თუ არა შინჯიმ ბოლოჯერ გადაარჩინოს კაცობრიობა და დანარჩენი სამყარო?

როდესაც ანგელოზის საშიშროება იზრდება, კაცობრიობის თავდაცვითი ძალა საზღვრებს მიაღწევს, NERV არის ბრძოლის წინა ხაზზე. შინჯი იკარის და მის პარტნიორს რეი აიანამის ორი ახალი მფრინავი ეხმარება: ცეცხლოვანი ასუკა ლენგლი შიკინამი და იდუმალი მარი ილუსტრიუს მაკინამი. მათი მექანიზებული ევანგელიონის ქვედანაყოფების დახმარებით, რომლებიც აღჭურვილია შესანიშნავი იარაღით მათი ამაზრზენი მოწინააღმდეგეების დასაკავებლად, ოთხი ახალგაზრდა სული სასოწარკვეთილად იბრძვის საყვარელი ადამიანების დასაცავად და მოსალოდნელი აპოკალიფსის თავიდან ასაცილებლად. მაგრამ როდესაც გასაოცარი საიდუმლოებები გამოაშკარავდება, იქნება თუ არა გმირების ყველაზე დიდი გამოწვევა მონსტრები... თუ თავად კაცობრიობა?

პოსტ-აპოკალიფსურ სამყაროში იაპონიაში ადამიანთა ბოლო დასახლება არის ძლიერ გამაგრებული ქალაქი ტოკიო-3. თოთხმეტი წლის შინჯი იკარი მიჰყავთ NERV-ის შტაბ-ბინაში, მიწისქვეშა ორგანიზაციაში, რომელსაც ხელმძღვანელობს მისი გაუცხოებული მამა, გენდუ. ის ითხოვს, რომ შინჯი გახდეს "Evangelion"-ის პილოტი, კოლოსალური ანდროიდი, რომელიც შექმნილია ურჩხული და დამანგრეველი უცხო არსებების წინააღმდეგ საბრძოლველად, რომლებიც ცნობილია როგორც "ანგელოზები", რომლებიც ანადგურებენ პლანეტას და ემუქრებიან დარჩენილი კაცობრიობის გადარჩენას. მიუხედავად იმისა, რომ თავდაპირველად უხალისო, შინჯი იძაბება მამასთან შერიგების იდეით და თანახმაა დაეხმაროს კაცობრიობის სახიფათო მცდელობას მისი უცხო საფრთხის წინააღმდეგ, როგორც Evangelion Unit-01-ის პილოტი. სახიფათო ბრძოლის ველის შუაგულში ჩავარდნილმა შინჯიმ უნდა მოიპოვოს საჭირო გამბედაობა და გადაწყვიტოს, რომ დაუპირისპირდეს ანგელოზთა შემოსევებს, სანამ ძალიან გვიან არ არის.

შინჯი იკარი ძვირფასი მეგობრის გარდაცვალების შემდეგ ემოციურად კომატოზირებულია. იმის გამო, რომ მის შვილს ფსიქიკურად არ შეუძლია პილოტირება ჰუმანოიდური რობოტი Evangelion Unit-01, გენდუ იკარის NERV ებრძვის ჩრდილოვან ორგანიზაციას SEELE-ს, რათა ნახოს, ვინ შეძლებს პირველი გეგმის განხორციელებას. SEELE-ს სურს შექმნას ღმერთის მსგავსი არსება საკუთარი სულების ევანგელიონის ერთეულში შერწყმით, ხოლო გენდუს სურს, მთელი კაცობრიობა დაუბრუნოს ერთ პირველყოფილ არსებას, რათა ის კვლავ გაერთიანდეს იუისთან, მის გარდაცვლილ მეუღლესთან. SEELE ათავისუფლებს თავის სამხედრო ძალებს NERV-ის შტაბ-ბინაში სასიკვდილო შეჭრაში. როდესაც SEELE-ს ძალებმა მოკვეთეს NERV-ის მეცნიერები და უსაფრთხოების პერსონალი, ასუკა ლენგლი სურიუუ პილოტებს Evangelion Unit-02-ს სასოწარკვეთილი ბოლო პოზიციით SEELE-ის უმძიმესი იარაღის წინააღმდეგ. ბრძოლა მძვინვარებს და დეპრესიული შინჯი ღრმად იმალება NERV-ის შტაბ-ბინაში. სამყაროს ბედი შინჯის ხელშია, კაპიტანი მისატო კაცურაგი ნადირობს თინეიჯერ ბიჭზე, როცა საზოგადოება მათ ირგვლივ იშლება.

სამასი წლის წინ არასწორად წარსულმა გენეტიკურმა ექსპერიმენტმა გამოიწვია დედამიწის ყველა ტყის მუტაცია. ცნობიერებით შეიარაღებული მცენარეულობა მთელი კაცობრიობის განადგურებას ცდილობდა და მომხდარმა ომმა პლანეტა ჯოჯოხეთურ დისტოპიად აქცია. დღესდღეობით, აგიტო, ახალგაზრდა ბიჭი, მამასთან ერთად ცხოვრობს ნეიტრალურ ქალაქში - სოფელში, სადაც ზვია მეზობელ ტყესთან. ერთ დღეს, აგიტო, წყლის შეგროვების გზაზე, მეგობარს შორდება და წააწყდება წარსულის რელიქვიას: გოგონას სძინავს იდუმალ მანქანაში. აგიტო აღვიძებს გოგონას, Toola Cm Sacl, და აცნობს მას სოფელში. მაგრამ გარე ძალებს აქვთ ფარული მოტივები გოგონასთვის, რომელსაც ხელში აქვს დედამიწის აღდგენის გასაღები. შეცდომაში შეჰყავს შუნაკი, ძველი სამყაროს ჯარისკაცი, რომელიც ტყის განადგურებას აპირებს, ტულა მას მიჰყვება, მიუხედავად აგიტოს გაფრთხილებისა. გადაწყვეტილი აქვს ტულას გადარჩენა და კაცობრიობის ტყესთან გაერთიანება, აგიტო სესხულობს ტყის ძალას და მისდევს მას.

მაიორი მოტოკო კუსანაგის გაუჩინარების გამო, მე-9 განყოფილების ბატუს ევალება გამოიძიოს საშინელი მკვლელობები - როგორც ჩანს, გაუმართავი გინოიდების, ან სექს-რობოტების ხელით. მაგრამ როდესაც გაუმართავი გინოიდი ტოვებს ბატუს საიდუმლო შეტყობინებას, ის იწყებს ეჭვქვეშ აყენებს მათი გაუმართაობის მიზეზს. პოლიტიკურად მოტივირებულ მკვლელობაზე და უკანონო „მოჩვენებაზე“ ეჭვები სწრაფად ჩნდება, რაც ბატუსა და მის პარტნიორ ტოგუზას შეთქმულების საშიშ ქსელში აქცევს. როგორც მათი გამოძიება გრძელდება, ზღვარი ადამიანსა და მანქანას შორის ბუნდოვანია და რეალობა და აღქმა გაურკვეველი ხდება. უცნაურ და საშიშ მტრებთან პირისპირ, ბატუ და ტოგუზა იკვლევენ ფუტურისტულ სამყაროს, რომელიც სავსეა მანქანებითა და ცოცხალი თოჯინებით, მაგრამ სრულიად მოკლებულია კაცობრიობას.

2029 წელს და III და IV მსოფლიო ომების შემდეგ, იაპონიის ხელმძღვანელობით აზიური ბლოკი დომინირებს მსოფლიო საქმეებში. ალიანსი ინარჩუნებს საერთაშორისო უზენაესობას თავისი ელიტური უსაფრთხოების ძალების მეშვეობით, რომლის კიბერნეტიკურად გაძლიერებული ოპერატიულები ებრძვიან მაღალტექნოლოგიურ ტერორისტებს და საერთაშორისო უსაფრთხოების სხვა საფრთხეებს. ამ გაძლიერებულ აგენტებს შეუძლიათ "მოჩვენება ჰაკი" (ანუ ჩამოტვირთონ თავიანთი ცნობიერება) ახლა ყველგან არსებული ინტერნეტის საშუალებით სხვა მანქანებში და ადამიანების/მანქანების ჯვარედინი ჯიშებში. მაიორი მოტოკო კუსანაგი, კიბერნეტიკურად გაძლიერებული ქალი აგენტი, ადევნებდა თვალყურს ვირტუალურ ერთეულს, რომელიც ცნობილია თოჯინების ოსტატის სახელით, უსაფრთხოების აგენტების კრეკერ რაზმთან ერთად. ფორმის ცვალებადმა თოჯინამ, უსაფრთხოების აპარატის კონკურენტი სააგენტოს ბოროტმოქმედმა ქმნილებამ, დაასკვნა, რომ ის თავისთავად სიცოცხლის ფორმაა, „ინფორმაციის ზღვაში დაბადებული“ და ითხოვდა პოლიტიკურ თავშესაფარს და ნამდვილ ფიზიკურ არსებობას, დაუმორჩილებლობის მიზნით. მისი შემქმნელების.

2029 წელს ნიჰამა ქალაქი გახდა ტექნოლოგიურად მოწინავე მეტროპოლია. კიბერნეტიკის დიდი გაუმჯობესების გამო, მის მოქალაქეებს შეუძლიათ შეცვალონ კიდურები რობოტული ნაწილებით. მსოფლიო ახლა უფრო ურთიერთდაკავშირებულია, ვიდრე ოდესმე ყოფილა და ქალაქის საზოგადოებრივი უსაფრთხოების მე-9 განყოფილება პასუხისმგებელია კორუფციასთან, ტერორიზმთან და სხვა სახიფათო საფრთხეებთან ბრძოლაზე გლობალიზაციისკენ გადასვლის შემდეგ. მე-9 განყოფილების ძლიერი ნებისყოფის მაიორი მოტოკო კუსანაგი უძღვება საქმეს, რომელშიც შედის იდუმალი ჰაკერი, რომელიც ცნობილია მხოლოდ "თოჯინების ოსტატის" სახელით, რომელიც ტოვებს მსხვერპლთა კვალს, რომლებიც მოხსნილია მათი მოგონებები. ამ ფუტურისტულ სამყაროში ბევრის მსგავსად, თოჯინების ოსტატის სხეული თითქმის მთლიანად რობოტია, რაც მათ წარმოუდგენელ ძალას აძლევს. როდესაც მოტოკო და მისი ქვეშევრდომები მიჰყვებიან იდუმალი კრიმინალის კვალს, სხვა მხარეები - მე-6 განყოფილების ჩათვლით - იწყებენ ჩარევას, რაც აიძულებს მას დაუპირისპირდეს საქმის უკიდურესად რთულ ბუნებას. სხვადასხვა ფილოსოფიურ კითხვებზე ფიქრით, როგორიც არის საკუთარი ცხოვრების აზრი, მოტოკო მალე ხვდება, რომ ის, ვინც ამ პასუხებს გასცემს, სხვა არავინაა, თუ არა თავად თოჯინების ოსტატი.

რეი ახალგაზრდა ვუნდერკინდი გამომგონებელია, რომელიც ცხოვრობს ვიქტორიანულ ინგლისში. მისი ცხოვრება თავდაყირა დგება, როდესაც ის იღებს სპეციალურ პაკეტს შეერთებული შტატებიდან, რომელიც ბაბუას, ლოიდ სტეიმს გაუგზავნა. პაკეტი შეიცავს მოწყობილობას სახელწოდებით Steam Ball, მოწყობილობა იმდენად ძლიერი, რომ მას შეუძლია მართოს ნებისმიერი მანქანა, რომელიც საჭიროებს ორთქლს თითქმის შეუზღუდავი რაოდენობით ენერგიით. რეის ევალება არ დაუშვას Steam Ball არასწორ ხელში ჩავარდნას, მათ შორისაა ძლევამოსილი O'Hara Foundation, რომელსაც უიმედოდ სურს Steam Ball თავის კონტროლში დააბრუნოს, რათა მათ მიაღწიონ ნაკლებად კეთილშობილურ მიზნებს. მას მოუწევს გამოიყენოს თავისი ბრწყინვალების ყოველი ნაწილი, რათა თავიდან აიცილოს უთვალავი გუგები, რომლებიც იგზავნება მისგან მოწყობილობის წართმევის მიზნით. ეს იქნება ბრძოლა სიკეთესა და ბოროტებას შორის, ბრძოლა გამოსყიდვისთვის, ბრძოლა მომავლისთვის!