მსოფლიოს უდიდესმა მკვლელმა მთელი სიცოცხლის განმავლობაში დაიფიცა ერთგულება იმ ორგანიზაციის მიმართ, რომელმაც ის გაზარდა. თუმცა, მიუხედავად მისი ერთგულებისა, სწორედ ეს ორგანიზაცია იღებს ზომებს მის გასაჩუმებლად, რაც საბოლოოდ მის დაღუპვას გამოიწვევს. იმედგაცრუებაში და სინანულში ჩაძირული, რომელსაც ვეღარ თრგუნავს, ის აღმოჩნდება აუდიტორიაში ქალღმერთთან, რომელსაც იზიდავს მისი განსაკუთრებული უნარები. ქალღმერთი მას სთავაზობს რეინკარნაციას ხმლებისა და მაგიის ბრწყინვალე სამყაროში, რათა მან შეძლოს გადამწყვეტი მისიის შესრულება: თავიდან აიცილოს ამ სამყაროს განადგურება მისი გმირის მოკვლით. ქალღმერთის თხოვნის მიღების შემდეგ, ის ხელახლა დაიბადება, როგორც ლუგ ტუათა დე, მკვლელთა კეთილშობილური ოჯახის შვილი, რომელიც ემსახურება ალვანთა სამეფოს. მამის ხელმძღვანელობით, ლუგი სწავლობს მკვლელობის ახალ ტექნიკას, რომელიც მნიშვნელოვნად განსხვავდება მისი წინა ცხოვრების ცივსისხლიანი და არასიმპატიური მკვლელობის სტილისგან. გარდა ამისა, მისი სხვა ნიჭი ყვავის, რაც საშუალებას აძლევს მას შეხვდეს ახალ მოკავშირეებს და ნაცნობებს. მიუხედავად ამისა, ლუგმა იცის, რომ მისი ძალისხმევა შორს არის ადეკვატური, რადგან მონუმენტური მოწინააღმდეგე, როგორიც გმირია, მხოლოდ სრულყოფილებით შეიძლება დამარცხდეს.

ერთ დღეს მხიარულ ქალაქ შიბუიაში ბიჭი, სახელად ნეკუ საკურაბა, აღმოჩნდება, რომ უჭირავს ორი შავი ქინძისთავი, რომელიც საშუალებას აძლევს მას წაიკითხოს გარშემომყოფების აზრები. თუმცა, ეს ქინძისთავები მას ასევე აძლევს უნარს დაინახოს "ხმაური", მტრულად განწყობილი არსებები, რომლებსაც შეუძლიათ "წაშალონ" ადამიანები არსებობიდან. მას შემდეგ რაც აღმოაჩენს, რომ ის ქალაქის საზღვრებშია მოხვედრილი, ნეკუ იღებს შეტყობინებას მისიის შესახებ, რომელიც მაინც წაშლის მას წარუმატებლობის შემთხვევაში. ხმაურის თავდასხმის თავიდან აცილების მცდელობისას ნეკუ გაიცნობს გოგონას სახელად შიკი მისაკი, რომელიც სთხოვს დადოს მასთან პარტნიორობის პაქტი მონსტრების წინააღმდეგ საბრძოლველად. შიკი განმარტავს, რომ ის და ნეკუ გახდნენ "მოთამაშეები", რომლებიც მონაწილეობენ "Reaper's Game" - ღონისძიება, რომელიც გრძელდება შვიდ დღეს, თითოეულს აქვს განსხვავებული მისია. როდესაც ნეკუ და შიკი იბრძვიან გადარჩენისთვის ყოველი გასული დღე, ისინი იწყებენ შეხვედრას სხვა მოთამაშეებთან და რეპერებთან, ებრძვიან უფრო ძლიერ ხმაურს და იგებენ სიმართლეს იმ საიდუმლოს მიღმა, რომელშიც ეს თამაშია მოცული.

1923 წელს, ვამპირის კრიზისი ტოკიოს ქარიშხლით ართმევს თავს. ხელოვნური სისხლის წყაროს "ასკრას" უკანონო ვაჭრობით პროვოცირებული, ვამპირების მოსახლეობა სწრაფად იზრდება ქალაქში. გენერალ-ლეიტენანტ სუნოსუკე ნაკაჯიმას ბრძანებით, სპეცდანიშნულების რაზმი მე-16 აგროვებს ვამპირებს სამხედრო ძალებში, რათა შექმნან ვამპირებზე სანადირო ახალი ფარული განყოფილება, რომელიც ცნობილია როგორც Code Zero. ქვედანაყოფის ლიდერია პოლკოვნიკი იოშინობუ მაედა. პასუხისმგებელი ასკრას ვაჭრობის წყაროს დადგენაზე, ასევე ვამპირების დატყვევებასა და მოკვლაზე, მასზე ზეწოლა ხდება ნაყოფიერი შედეგების მიღებაზე მზარდი კრიტიკის ფონზე, რომელიც ემუქრება დანაყოფის დეკომპორციას. კიდევ უფრო უარესი, ვამპირები განყოფილების შიგნით იბრძვიან თავიანთი ახლად აღმოჩენილი ძალებისა და ვინაობის ათვისებაში ახლა, როცა ისინი ადამიანები აღარ არიან. სამყარო მათ წინააღმდეგ წინააღმდეგობაში მოდის, Code Zero-ს წევრებმა უნდა იპოვონ გზა კრიზისის შესაჩერებლად ან სხვაგვარად გახდნენ საკუთარი დემონური ბუნების მსხვერპლი.

დღე ისეთივე ნორმალურია, როგორც ეს შეიძლება იყოს საშუალო სკოლაში, რადგან მოსწავლეები მშვიდობიანად ასრულებენ ყოველდღიურ საქმიანობას მანამ, სანამ სკოლას არ დაარტყამს უპრეცედენტო კატასტროფა, რომელსაც ყველა ადამიანი მოკლავს. ხელმძღვანელობენ, როგორც ჩანს, სასწაული, რამდენიმე სტუდენტს გაუმართლა, რომ რეინკარნაცია მოახდინოს სხვა სამყაროში, როგორც დიდებულები, პრინცები და პრესტიჟული წარსულის მქონე სხვა სახის ადამიანები. თუმცა, ერთ გოგოს არც ისე გაუმართლა. ხელახლა დაბადებული, როგორც ყველაზე სუსტი სახის ობობა, ის მაშინვე განიცდის მძიმე სიტუაციის სირთულეებს. მიუხედავად ამისა, მან უნდა გააგრძელოს გადარჩენა მრავალი საფრთხისგან, რომელიც საფრთხეს უქმნის მის სიცოცხლეს. აღმოაჩენს, რომ მის ახალ სამყაროს აქვს RPG-ის მსგავსი სისტემა, ის მაქსიმალურად ცდილობს ნადირზე ნადირობას და მონსტრების დამარცხებას, რათა ამაღლდეს და განვითარდეს. როგორც თანდათან ძლიერდება, ის იმედოვნებს, რომ ერთ დღეს მისი ძალისხმევა დაჯილდოვდება და უკეთესი ცხოვრება მიენიჭება.

როგორც იდუმალი კონტრაქტის ნაწილი, რომელიც ქალღმერთმა და მისმა მშობლებმა წლების წინ შეათანხმეს, მაკოტო მისუმი აღმოჩნდება გაგზავნილი სხვა სამყაროში, რათა შეხვდეს ქალღმერთს და გახდეს გმირი. თუმცა, ღვთაება თვლის, რომ მაკოტო არის "საშინელება", უარს ამბობს თვალის დახუჭვაზეც კი და აუქმებს მის გმირულ ტიტულს. საზიზღრად აძლევს მას ყველა ენის გაგების უნარს, გარდა ადამიანის ენისა, როგორც კომპენსაცია, ქალღმერთი მაკოტოს აშორებს უდაბნოების ყველაზე შორეულ კიდეებს, ადამიანური ცივილიზაციისგან შორს. დედამიწასა და ამ ახალ სამყაროს შორის უთანასწორობის გამო, მაკოტოს თანდაყოლილი ფიზიკური და მაგიური შესაძლებლობები იღვიძებს, რაც მას უკიდურესად ძლიერს ხდის. ის ხვდება სხვადასხვა დემიადამიანებსა და მითურ არსებებს, რომლებიც საბოლოოდ იპყრობენ მის მახასიათებლებს და შეუერთდებიან მაკოტოს ახალი საზოგადოების აშენებაში, სადაც ყველა მათგანს შეუძლია მშვიდობიანად თანაცხოვრება. მიუხედავად ამისა, მიუხედავად ამ წარმატებისა, მაკოტო მაინც სწყურია თანამოაზრეებთან შეხვედრას. სამყაროში, სადაც თავად ქალღმერთმა აუკრძალა მას თავის ნათესავებთან ურთიერთობა, მაკოტოსა და მისი თანამგზავრების გადასაწყვეტია მისი სურვილის შესრულება და შესაძლოა საზოგადოების რეფორმირება გზაზე.

მსოფლიოს ღმერთები - ბერძნულიდან სკანდინავიურიდან ინდუისტურ მითოლოგიამდე - ყოველ ათას წელიწადში ერთხელ იკრიბებიან ერთი მნიშვნელოვანი გადაწყვეტილების მისაღებად: გაანადგურონ თუ არა კაცობრიობა. კაცობრიობის ეგოისტურობით განდევნილი, საბჭო ერთხმად ამტკიცებს ყველა ადამიანის განადგურებას. მაგრამ სანამ ბრძანებულება ამოქმედდება, ბრუნჰილდე, ვალჰალას 13 ვალკირიიდან ერთ-ერთი, წყვეტს შეხვედრას, რათა კაცობრიობას გადარჩენის შანსი მისცეს. ბრუნჰილდე გვთავაზობს Ragnarök-ის ამოქმედების იდეას, მოვლენა, რომელშიც 13 უძლიერესი მოკვდავი მეომარი იბრძვის 13 ღმერთის წინააღმდეგ ერთ-ერთ მატჩებში. მიუხედავად იმისა, რომ სასამართლო დასცინიან ღმერთებს, ნახევარღმერთი სარგებლობს მათი სიამაყით და აიძულებს მათ შეთანხმებას. თუმცა, თავად ბრუნჰილდემ უნდა შეაგროვოს უძლიერესი გმირები კაცობრიობის ათასწლეულის ისტორიის მანძილზე და წარმართოს ისინი გამარჯვებისკენ, სანამ ისინი ნაადრევ დაღუპვას შეხვდებიან.

NERV-ის წარუმატებელი მცდელობის შემდეგ, დაებრუნებინა ლონგინუსის შუბები და განეხორციელებინა ადამიანის ინსტრუმენტულობის პროექტი, მეოთხე ზემოქმედებით გამოწვეული განადგურება დიდწილად თავიდან აიცილა. არეულ მდგომარეობაში მყოფი შინჯი იკარი, ასუკა ლენგლი შიკინამი და რეი აიანამი მიემგზავრებიან სოფელ 3-ში — გადარჩენილთა დასახლებაში, რომელიც თავისუფალია დედამიწის განადგურებისგან. იქ შინჯი ნელ-ნელა შეეგუება თავის წარსულს და ავითარებს სრულიად განსხვავებულ ცხოვრებას ევანჯელიონის პილოტის დროიდან. იმავდროულად, NERV ემზადება ინსტრუმენტულობის პროექტის გასაგრძელებლად ახალი Impact-ის საშუალებით. როდესაც უილის მთავარი საჰაერო ხომალდი სოფელში ჩადის, შინჯი გადაწყვეტს ბორტზე ასვლას, თვლის, რომ მას შეუძლია დაეხმაროს ევანჯელიონის პილოტით. როდესაც ახალი საიდუმლოებები იხსნება და ბრძოლა WILLE-სა და NERV-ს შორის ახლოვდება, დედამიწის მომავალი ბალანსზე დევს. შეუძლია თუ არა შინჯიმ ბოლოჯერ გადაარჩინოს კაცობრიობა და დანარჩენი სამყარო?