ტეროპტერიდები ბოროტი მხეცები არიან, რომლებიც წარმოადგენენ ადამიანებად და ცხოვრობენ მხოლოდ ადამიანის სისხლის დასალევად. ადამიანთა სამყაროს საბედნიეროდ, არსებობს ჯგუფები, რომლებიც ეძღვნება მათ განადგურებას. მოაზროვნე და იდუმალი გოგონა სახელად საია არის საუკეთესო ტეროპტერიდის მკვლელი, რომელიც არსებობს და ახლა, 1960-იან იაპონიაში, იგი გაგზავნილია აშშ-ს არმიის ბაზაში, რომელიც შესაძლოა დაინფიცირებული იყოს...

წყნარ სოფლის ქალაქში, ადგილობრივი უმცროსი სკოლის საფეხბურთო გუნდის ყურადღების ცენტრშია ერთი მოთამაშე: აშიტო აოი. ცნობილია თავისი არაპროგნოზირებადი სვლებითა და ეგოცენტრირებული სათამაშო სტილით, აშიტო არის ერთადერთი ძალა, რომელიც უბიძგებს თავის გუნდს მნიშვნელოვანი საშუალო სკოლის წინასწარი ტურნირის გასავლელად. თუმცა, მათი მოგების სერია ხანმოკლეა - მოწინააღმდეგე აშიტოს მოთმინებას აკარგვინებს და ძალადობრივ მოქმედებას იწვევს, რის შედეგადაც იგი აშორებს მას დანარჩენი თამაშიდან. მათი ვარსკვლავი მოთამაშის გარეშე გუნდი სწრაფად გამოეთიშა ტურნირს. როგორც მას სჯერა, რომ ყველა იმედი დაკარგულია, აშიტოს მიმართავს ახალგაზრდული გუნდის მწვრთნელი, სახელად ტაცუია ფუკუდა, რომელიც გრძნობს მასში პოტენციალს და ფუკუდა იწვევს მას ტოკიოში საცდელად. უცნობ გარემოში, რომელიც გარშემორტყმულია ნიჭით, აშიტომ უნდა გამოავლინოს თავისი შესაძლებლობების მაქსიმუმი, რათა დაამტკიცოს საკუთარი თავი და უზრუნველყოს ის, რაც შეიძლება იყოს ცხოვრების შემცვლელი კარიერა.

შინჯი იკარი ძვირფასი მეგობრის გარდაცვალების შემდეგ ემოციურად კომატოზირებულია. იმის გამო, რომ მის შვილს ფსიქიკურად არ შეუძლია პილოტირება ჰუმანოიდური რობოტი Evangelion Unit-01, გენდუ იკარის NERV ებრძვის ჩრდილოვან ორგანიზაციას SEELE-ს, რათა ნახოს, ვინ შეძლებს პირველი გეგმის განხორციელებას. SEELE-ს სურს შექმნას ღმერთის მსგავსი არსება საკუთარი სულების ევანგელიონის ერთეულში შერწყმით, ხოლო გენდუს სურს, მთელი კაცობრიობა დაუბრუნოს ერთ პირველყოფილ არსებას, რათა ის კვლავ გაერთიანდეს იუისთან, მის გარდაცვლილ მეუღლესთან. SEELE ათავისუფლებს თავის სამხედრო ძალებს NERV-ის შტაბ-ბინაში სასიკვდილო შეჭრაში. როდესაც SEELE-ს ძალებმა მოკვეთეს NERV-ის მეცნიერები და უსაფრთხოების პერსონალი, ასუკა ლენგლი სურიუუ პილოტებს Evangelion Unit-02-ს სასოწარკვეთილი ბოლო პოზიციით SEELE-ის უმძიმესი იარაღის წინააღმდეგ. ბრძოლა მძვინვარებს და დეპრესიული შინჯი ღრმად იმალება NERV-ის შტაბ-ბინაში. სამყაროს ბედი შინჯის ხელშია, კაპიტანი მისატო კაცურაგი ნადირობს თინეიჯერ ბიჭზე, როცა საზოგადოება მათ ირგვლივ იშლება.

მაიორი მოტოკო კუსანაგის გაუჩინარების გამო, მე-9 განყოფილების ბატუს ევალება გამოიძიოს საშინელი მკვლელობები - როგორც ჩანს, გაუმართავი გინოიდების, ან სექს-რობოტების ხელით. მაგრამ როდესაც გაუმართავი გინოიდი ტოვებს ბატუს საიდუმლო შეტყობინებას, ის იწყებს ეჭვქვეშ აყენებს მათი გაუმართაობის მიზეზს. პოლიტიკურად მოტივირებულ მკვლელობაზე და უკანონო „მოჩვენებაზე“ ეჭვები სწრაფად ჩნდება, რაც ბატუსა და მის პარტნიორ ტოგუზას შეთქმულების საშიშ ქსელში აქცევს. როგორც მათი გამოძიება გრძელდება, ზღვარი ადამიანსა და მანქანას შორის ბუნდოვანია და რეალობა და აღქმა გაურკვეველი ხდება. უცნაურ და საშიშ მტრებთან პირისპირ, ბატუ და ტოგუზა იკვლევენ ფუტურისტულ სამყაროს, რომელიც სავსეა მანქანებითა და ცოცხალი თოჯინებით, მაგრამ სრულიად მოკლებულია კაცობრიობას.

2029 წელს და III და IV მსოფლიო ომების შემდეგ, იაპონიის ხელმძღვანელობით აზიური ბლოკი დომინირებს მსოფლიო საქმეებში. ალიანსი ინარჩუნებს საერთაშორისო უზენაესობას თავისი ელიტური უსაფრთხოების ძალების მეშვეობით, რომლის კიბერნეტიკურად გაძლიერებული ოპერატიულები ებრძვიან მაღალტექნოლოგიურ ტერორისტებს და საერთაშორისო უსაფრთხოების სხვა საფრთხეებს. ამ გაძლიერებულ აგენტებს შეუძლიათ "მოჩვენება ჰაკი" (ანუ ჩამოტვირთონ თავიანთი ცნობიერება) ახლა ყველგან არსებული ინტერნეტის საშუალებით სხვა მანქანებში და ადამიანების/მანქანების ჯვარედინი ჯიშებში. მაიორი მოტოკო კუსანაგი, კიბერნეტიკურად გაძლიერებული ქალი აგენტი, ადევნებდა თვალყურს ვირტუალურ ერთეულს, რომელიც ცნობილია თოჯინების ოსტატის სახელით, უსაფრთხოების აგენტების კრეკერ რაზმთან ერთად. ფორმის ცვალებადმა თოჯინამ, უსაფრთხოების აპარატის კონკურენტი სააგენტოს ბოროტმოქმედმა ქმნილებამ, დაასკვნა, რომ ის თავისთავად სიცოცხლის ფორმაა, „ინფორმაციის ზღვაში დაბადებული“ და ითხოვდა პოლიტიკურ თავშესაფარს და ნამდვილ ფიზიკურ არსებობას, დაუმორჩილებლობის მიზნით. მისი შემქმნელების.

2029 წელს ნიჰამა ქალაქი გახდა ტექნოლოგიურად მოწინავე მეტროპოლია. კიბერნეტიკის დიდი გაუმჯობესების გამო, მის მოქალაქეებს შეუძლიათ შეცვალონ კიდურები რობოტული ნაწილებით. მსოფლიო ახლა უფრო ურთიერთდაკავშირებულია, ვიდრე ოდესმე ყოფილა და ქალაქის საზოგადოებრივი უსაფრთხოების მე-9 განყოფილება პასუხისმგებელია კორუფციასთან, ტერორიზმთან და სხვა სახიფათო საფრთხეებთან ბრძოლაზე გლობალიზაციისკენ გადასვლის შემდეგ. მე-9 განყოფილების ძლიერი ნებისყოფის მაიორი მოტოკო კუსანაგი უძღვება საქმეს, რომელშიც შედის იდუმალი ჰაკერი, რომელიც ცნობილია მხოლოდ "თოჯინების ოსტატის" სახელით, რომელიც ტოვებს მსხვერპლთა კვალს, რომლებიც მოხსნილია მათი მოგონებები. ამ ფუტურისტულ სამყაროში ბევრის მსგავსად, თოჯინების ოსტატის სხეული თითქმის მთლიანად რობოტია, რაც მათ წარმოუდგენელ ძალას აძლევს. როდესაც მოტოკო და მისი ქვეშევრდომები მიჰყვებიან იდუმალი კრიმინალის კვალს, სხვა მხარეები - მე-6 განყოფილების ჩათვლით - იწყებენ ჩარევას, რაც აიძულებს მას დაუპირისპირდეს საქმის უკიდურესად რთულ ბუნებას. სხვადასხვა ფილოსოფიურ კითხვებზე ფიქრით, როგორიც არის საკუთარი ცხოვრების აზრი, მოტოკო მალე ხვდება, რომ ის, ვინც ამ პასუხებს გასცემს, სხვა არავინაა, თუ არა თავად თოჯინების ოსტატი.